申請歐洲專利需要一定的費用為基礎，整個申請至授權階段中歐洲專利局和各指定國的官方費用比較確定，但整個過程中的代理費用不確定，并且差別很大。

官方費用

意見普通歐洲專利申請，如果文件、費用均在公約規定的期限內準確遞交，不涉及因期限屆滿補繳文件或費用產生的滯納金及其他問題，需要的官方費用由：申請費、檢索費、指定費、權限附加費、實審費、維持費、授權費以及年費。

代理費用

申請歐洲專利的另一項支出是代理費用，包括外國事務所的代理費和國內代理機構的代理費。外國事務所的代理費包括準備申請文件的費用，翻譯費，答復審查意見的費用，傳真、郵寄、復印等雜費。外國事務所代理費用各個事務所不同，有些費用是確定的，有些費用以工作時間計算，不確定。國內代理費各代理機構收費情況也不同，有的包干收費，即自遞交申請到收到授權通知或駁回通知，收取一筆費用，后期再依情況收費。有的依據實際發生費用收取，即在每筆國外代理費基礎上加收一定的國內代理費。具體如何收費，由申請人與國內代理機構協商確定。

鑒于此，這就需要國內申請人在選擇代理機構時要非常慎重，應該找一個由豐富國外代理經驗的涉外專利代理機構代理。一般這樣的代理機構有比較長期、穩定、可靠的外國合作伙伴，收費比較合理，能夠為申請人在費用較低的基礎上爭取最大限度的保護范圍，真正達到申請歐洲專利及在各指定國獲得專利保護的目的。